La Dirección del Archivo Histórico Universitario está conformada por dos áreas: el Archivo de Concentración y el Archivo Histórico, en ambas el manejo de la documentación y el cuidado es diferente debido a su funcionalidad.
El Archivo de Concentración custodia 79 archiveros con expedientes de consulta ordinaria correspondiente a las carreras ofertadas por la UABJO de 1996 a 2021, así como documentación diversa que corresponde a distintas administraciones.
En su caso, el Archivo Histórico cuenta con un inventario parcial, el cuál consta de 421 registros entre ellos: expedientes profesionales, fotografías, tesis, películas, libros, carteles, informes, planos, documentación diversa y periódicos, siendo el documento más antiguo de 1862, además de un conjunto de más de 300 cajas cuyo contenido está en proceso de identificación.
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